Kwestia możliwości korzystania ze zwolnienia z obowiązku sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych przez podatników posiadających decyzję o wsparciu czy zezwolenie strefowe od kilku lat budziła spore kontrowersje. W naszym wcześniejszym artykule „Decyzja o wsparciu a zwolnienie z dokumentacji cen transferowych” opisywaliśmy stanowiska prezentowane przez organy podatkowe.
Najnowszy wyrok II FSK 369/25 z dnia 28 stycznia 2026 r. może jednak istotnie wpłynąć na ukształtowanie stabilnej linii orzeczniczej w tym zakresie.
O co toczył się spór?
Sprawa dotyczyła relacji pomiędzy:
- art. 11n pkt 1 lit. b ustawy o CIT – tj. zwolnienie z obowiązku sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych dla transakcji krajowych,
- a art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT – tj. zwolnienie dochodu osiąganego na podstawie decyzji o wsparciu.
Podatnik, w związku z realizacją nowej inwestycji, uzyskał decyzję o wsparciu, nabywając tym samym prawo do skorzystania ze zwolnienia z podatku dochodowego dochodów osiąganych w związku z realizacją inwestycji w ramach Polskiej Strefy Inwestycji. W części lat nie wykazywał jednak dochodu zwolnionego (m.in. z uwagi na wykorzystanie limitu pomocy publicznej).
Spór sprowadzał się do fundamentalnego pytania:
Czy samo posiadanie ważnej decyzji o wsparciu oznacza „korzystanie ze zwolnienia”, czy też warunek z art. 11n pkt 1 lit. b ustawy o CIT należy badać przez pryzmat faktycznego wykazania dochodu zwolnionego w danym roku podatkowym?
Jak było dotychczas?
Początkowa, korzystna linia interpretacyjna
W pierwszych latach obowiązywania przepisów organy podatkowe akceptowały stanowisko, zgodnie z którym kluczowe znaczenie ma faktyczne skorzystanie ze zwolnienia, a więc wykazanie dochodu zwolnionego w zeznaniu rocznym.
Brak dochodu zwolnionego = brak korzystania ze zwolnienia = możliwość zastosowania art. 11n pkt 1 ustawy o CIT.
Zwrot w podejściu organów i sądów I instancji
Z czasem pojawiło się bardziej restrykcyjne stanowisko. Organy zaczęły twierdzić, że zwolnienie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT ma charakter obligatoryjny, a samo posiadanie decyzji o wsparciu oznacza „korzystanie ze zwolnienia”, więc podatnik nie może korzystać ze zwolnienia z obowiązku sporządzenia dokumentacji cen transferowych.
Takie stanowisko podzielili również Dyrektor KIS w interpretacji z dnia 3 lipca 2024 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.280.2024.1.DW) oraz WSA w Łodzi w wyroku z dnia 4 grudnia 2024 r. (I SA/Łd 532/24), uznając, że wyjątki od obowiązku dokumentacyjnego należy interpretować ściśle, a podatnik posiadający decyzję o wsparciu – z mocy prawa – korzysta ze zwolnienia.
Odmienne stanowisko NSA w wyroku II FSK 369/25
Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zarówno wyrok WSA, jak i interpretację indywidualną.
NSA wrócił do wykładni językowej i podkreślił kluczową kwestię:
„Korzystanie ze zwolnienia” oznacza efektywne zastosowanie zwolnienia w rozliczeniu podatkowym.
Jeżeli w danym roku podatnik nie wykazał dochodu zwolnionego, a co za tym za tym idzie nie zastosował zwolnienia z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, to nie można przyjąć, że „korzysta ze zwolnienia” wyłącznie z tego powodu, że posiada decyzję o wsparciu.
NSA wyraźnie zaznaczył, że żadna norma prawna nie rozszerza pojęcia „korzystania” na sam fakt posiadania decyzji o wsparciu czy ponoszenia kosztów kwalifikowanych.
Podsumowanie
Wyrok II FSK 369/25 przywraca prymat wykładni językowej oraz odrzuca koncepcję automatycznego „korzystania ze zwolnienia”, co może zakończyć kilkuletni spór interpretacyjny.
Jeżeli linia ta zostanie utrzymana w kolejnych orzeczeniach, podatnicy posiadający decyzje o wsparciu czy zezwolenie strefowe – ale faktycznie nie wykazujący dochodu zwolnionego – powinni móc bezpiecznie korzystać ze zwolnienia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych (oczywiście przy spełnieniu pozostałych warunków ustawowych).
Wyrok II FSK 369/25 to bardzo ważny krok w stronę stabilizacji praktyki. Pozostaje mieć nadzieję, że zakończy on okres niepewności i pozwoli podatnikom skupić się na działalności operacyjnej, a nie na sporach interpretacyjnych dotyczących zakresu obowiązków dokumentacyjnych.
Niemniej jednak warto nadal uważnie śledzić kolejne orzeczenia sądów administracyjnych oraz praktykę interpretacyjną organów podatkowych, które przesądzą o trwałości prezentowanego podejścia i jego rzeczywistym znaczeniu dla bezpieczeństwa podatników.
Anna Kowalska & Sabina Krochta