Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w dniu 1 października 2025 r. wydał wyrok (sygn. I SA/Gd 582/25), który może znacząco wpłynąć na sposób, w jaki jednostki samorządu terytorialnego określają proporcję odliczenia VAT przy inwestycjach służących zarówno celom publicznym, jak i gospodarczym. Sprawa dotyczyła gminnej inwestycji w budynek o funkcjach mieszanych – i pokazuje, że JST mogą stosować indywidualny, bardziej reprezentatywny prewspółczynnik, a nie tylko ten wynikający z rozporządzenia MF.
💡 Gminna inwestycja – problem z określeniem proporcji odliczenia podatku VAT
Gmina, będąca czynnym podatnikiem VAT, realizowała inwestycję polegającą na budowie trzykondygnacyjnego budynku o funkcjach mieszanych. Parter budynku miał zostać przeznaczony na wynajem dla podmiotów medycznych – przychodni zdrowia i zespołu ratownictwa medycznego – a więc na działalność gospodarczą opodatkowaną VAT. Pierwsze piętro miało pełnić funkcje mieszane – część przeznaczono na wynajem gabinetów rehabilitacyjnych (również opodatkowanych VAT), a pozostałą część na pomieszczenia Gminnego Ośrodka Pomocy Społecznej i Straży Gminnej, służące realizacji zadań własnych Gminy. Z kolei drugie piętro budynku przeznaczono w całości na działalność niekomercyjną – bibliotekę, warsztaty terapii zajęciowej i Centrum Dziennego Pobytu Seniora.
W efekcie budynek miał być wykorzystywany zarówno do działalności gospodarczej (opodatkowanej VAT), jak i do działalności innej niż gospodarcza. Z wyliczeń Gminy wynikało, że ok. 42% powierzchni budynku będzie przeznaczone na cele działalności opodatkowanej VAT, a pozostałe 58% – na zadania własne JST. Jednocześnie prewspółczynnik wynikający z rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (Dz.U. 2021 r., poz. 999) dawał dla Gminy wynik na poziomie zaledwie ok. 5%, co – zdaniem Gminy – całkowicie zniekształcało rzeczywisty zakres wykorzystania inwestycji do działalności gospodarczej.
W ocenie Gminy, taki urzędowy sposób liczenia proporcji nie odzwierciedlał faktycznego charakteru inwestycji. Wskaźnik z rozporządzenia opierał się bowiem na danych finansowych, takich jak dochody z podatków, subwencje i dotacje, które nie mają żadnego związku z konkretnym budynkiem. Gmina wskazywała, że zastosowanie jednego, abstrakcyjnego wzoru powodowałoby, że mogłaby odliczyć jedynie niewielki ułamek podatku, mimo że znacząca część inwestycji faktycznie służy działalności opodatkowanej VAT.
🔎 Właściwa metoda odliczenia VAT według Gminy
Gminie, w związku z przeznaczeniem części powierzchni na cele działalności gospodarczej opodatkowanej VAT i niepodlegającej zwolnieniu z tego podatku, przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego, przy czym odliczenie to powinno być jedynie częściowe zgodnie z art. 86 ust. 2a i nast. ustawy o VAT, ponieważ tylko część powierzchni budynku jest przeznaczona na cele działalności gospodarczej opodatkowanej VAT, a pozostała na niekomercyjne zadania własne Gminy, które nie są opodatkowane VAT. Gmina nie uważała by sposób określenia jaki narzuca Gminie ww. rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników był reprezentatywny dla wzmiankowanej wyżej inwestycji gminnej, ponieważ nie uwzględnia on specyfiki prowadzonej przez Gminę działalności gospodarczej związanej z budynkiem. Bazuje on na danych finansowych dotyczących aspektów działalności Gminy (np. PIT, CIT lub dotacje), które z budynkiem nie mają żadnego związku.
🎯 Poszukiwanie bardziej reprezentatywnego prewspółczynnika
W celu zachowania obiektywności i przejrzystości rozliczeń Gmina zaproponowała dwa alternatywne sposoby obliczenia proporcji VAT:
- Metodę powierzchniową (art. 86 ust. 2h ustawy o VAT) – opartą na udziale powierzchni budynku wykorzystywanej do działalności gospodarczej w łącznej powierzchni budynku. Wskaźnik ten wyniósł 42%, co odpowiadało faktycznemu wykorzystaniu pomieszczeń przeznaczonych na wynajem.
- Metodę średniorocznej powierzchni (art. 86 ust. 2c pkt 4 ustawy o VAT) – obejmującą wszystkie budynki gminne wykorzystywane do działalności gospodarczej i poza nią. W tym wariancie proporcja wyniosła 32%.
Gmina wskazała również, że w kalkulacji pominęła tzw. części wspólne, takie jak klatki schodowe i korytarze, gdyż służą one w takim samym stopniu działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej – w proporcji odpowiadającej 42%. Jak logicznie uzasadniono we wniosku, nawet po ich matematycznym uwzględnieniu wynik proporcji pozostaje identyczny.
Tym samym Gmina dowodziła, że jej metoda w sposób obiektywny, mierzalny i powtarzalny odzwierciedla faktyczne wykorzystanie inwestycji. W przeciwieństwie do metody z rozporządzenia, nie opiera się na przypadkowych danych finansowych, lecz na rzeczywistym wykorzystaniu nieruchomości.
Zdaniem Gminy, tylko takie podejście zapewnia zgodność z zasadą neutralności VAT i zasadą proporcjonalności wynikającą z prawa unijnego.
⚖️ Argumentacja Dyrektora KIS
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej nie zgodził się z podejściem Gminy. W interpretacji z dnia 3 czerwca 2025 r., sygn. 0114-KDIP4-1.4012.137.2025.2.RMA, uznał, że nie ma podstaw do stosowania innego niż rozporządzeniowy prewspółczynnik. W jego ocenie, jedynie metoda określona w rozporządzeniu Ministra Finansów z 17 grudnia 2015 r. została uznana za najbardziej odpowiadającą specyfice działalności jednostek samorządu terytorialnego, a każda inna metoda mogłaby prowadzić do „nieadekwatnego, nadmiernego odliczenia VAT”
Organ podkreślił, że JST nie są „klasycznymi przedsiębiorcami”, a sposób finansowania ich działalności (z dochodów publicznych, subwencji i dotacji) wymaga, aby proporcja odliczenia uwzględniała ten szeroki kontekst finansowy. Zdaniem Dyrektora, klucz powierzchniowy zaproponowany przez Gminę odzwierciedla jedynie fizyczny rozkład pomieszczeń, a nie „specyfikę” działalności samorządu, której część nie jest prowadzona w celach komercyjnych.
Dyrektor powołał się również na orzecznictwo NSA (m.in. wyrok z dnia 10 października 2019 r., sygn. I FSK 1214/17), w którym wskazano, że stosowanie indywidualnych metod może skutkować pomijaniem ogólnej charakterystyki działalności gmin i prowadzić do zawyżonego odliczenia VAT. W konsekwencji uznał, że Gmina nie może ustalać odrębnego prewspółczynnika dla pojedynczego składnika majątku, np. dla konkretnego budynku, lecz musi stosować wskaźnik obliczony według rozporządzenia dla całej jednostki organizacyjnej
Dodatkowo organ wskazał, że metoda Gminy pomija części wspólne budynku (klatki schodowe, wejścia), które również generują wydatki, przez co zaproponowany sposób obliczeń jest „uproszczony i niereprezentatywny”. W ocenie DKIS taki sposób nie zapewnia obiektywnego odwzorowania struktury działalności gospodarczej i niegospodarczej JST.
🏛️ Sąd potwierdza prawo JST do indywidualnej metody
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku nie podzielił stanowiska organu i uchylił przedmiotową interpretację indywidualną Dyrektora KIS. W uzasadnieniu wskazał, że przepisy art. 86 ust. 2a–2h oraz art. 86 ust. 22 ustawy o VAT wyraźnie dopuszczają możliwość stosowania innego, bardziej reprezentatywnego sposobu określenia proporcji, jeśli metoda z rozporządzenia nie oddaje faktycznej specyfiki prowadzonej działalności
Sąd przypomniał, że żadne przepisy nie nakładają obowiązku stosowania jedynej „urzędowej” metody, nawet przez jednostki samorządu terytorialnego. Zgodnie z art. 86 ust. 2h ustawy o VAT, JST mają prawo wyboru bardziej reprezentatywnego sposobu – o ile potrafią wykazać, że dokładniej odzwierciedla on zakres wykorzystania nabytych towarów i usług do działalności gospodarczej.
W ocenie Sądu, stanowisko organu, jakoby gmina nie mogła obliczać proporcji odrębnie dla konkretnego budynku, jest sprzeczne z zasadą neutralności VAT i ugruntowanym orzecznictwem NSA. WSA powołał się m.in. na wyroki:
- NSA z dnia 21 maja 2025 r., sygn. I FSK 250/22 – dopuszczający odrębny prewspółczynnik dla budynków o mieszanym przeznaczeniu;
- NSA z dnia 30 kwietnia 2021 r., sygn. I FSK 1491/18 – wskazujący, że jednostka może ustalić osobne proporcje dla różnych rodzajów działalności;
- oraz na wcześniejsze orzeczenia dotyczące m.in. sal sportowych, świetlic i remiz strażackich, w których również przyjęto możliwość indywidualnych metod odliczeń.
Sąd jednoznacznie stwierdził, że wydatki na budynek o określonej funkcji nie są wydatkami ogólnymi, lecz konkretnymi inwestycjami służącymi częściowo działalności gospodarczej. W takich przypadkach można (a nawet należy) stosować odrębny prewspółczynnik, jeśli to pozwala dokładniej ustalić zakres wykorzystania do czynności opodatkowanych.
WSA zwrócił również uwagę, że pominięcie części wspólnych nie zniekształca proporcji, ponieważ matematycznie nie wpływa na jej wynik. Co więcej, sama gotowość wynajmu pomieszczeń stanowi wystarczający dowód wykorzystania części budynku do działalności opodatkowanej.
W konkluzji Sąd orzekł, że Gmina ma prawo do zastosowania własnego, powierzchniowego klucza odliczenia VAT (42%), ponieważ odpowiada on specyfice prowadzonej działalności i nie prowadzi do nadmiernego odliczenia.
💬 Znaczenie wyroku i praktyczne wskazówki
Wyrok WSA w Gdańsku z dnia 1 października 2025 r., sygn. I SA/Gd 582/25 potwierdza kierunek orzeczniczy korzystny dla jednostek samorządu terytorialnego. Sąd jasno wskazał, że JST mogą stosować indywidualny, bardziej reprezentatywny prewspółczynnik VAT — pod warunkiem, że wykażą jego adekwatność wobec specyfiki konkretnej inwestycji.
To istotna zmiana praktyczna: dotychczas wiele organów podatkowych traktowało rozporządzenie z 2015 r. jako jedyne źródło dopuszczalnych metod ustalania proporcji. Wyrok przypomina, że art. 86 ust. 2h ustawy o VAT daje podatnikowi prawo wyboru, a nie obowiązek stosowania wskaźnika urzędowego.
Dzięki temu JST mogą — w przypadku inwestycji o charakterze mieszanym, takich jak budynki łączące funkcje publiczne i komercyjne — odliczyć znacznie większą część VAT. W praktyce różnica między proporcją 5% (z rozporządzenia) a np. 42% (z metody powierzchniowej) może oznaczać odzyskanie setek tysięcy złotych podatku.
Wyrok wpisuje się też w szerszy nurt orzeczniczy NSA (m.in. z dnia 21 maja 2025 r., sygn. I FSK 250/22, z dnia 13 września 2022 r., sygn. I FSK 843/19 czy też z dnia 30 kwietnia 2021 r., sygn. I FSK 1491/18 ), w którym akcentuje się zasadę neutralności VAT oraz potrzebę dopasowania sposobu rozliczenia do rzeczywistego wykorzystania majątku JST.
📣 Podsumowanie
Wyrok WSA w Gdańsku stanowi ważny sygnał dla samorządów inwestujących w obiekty o funkcjach mieszanych — zdrowotnych, kulturalnych czy administracyjnych. Potwierdza on, że JST mają prawo do aktywnego kształtowania sposobu rozliczania podatku VAT i wyboru metody najbardziej odzwierciedlającej rzeczywistość gospodarczą.
📊 W praktyce oznacza to możliwość bardziej racjonalnego i sprawiedliwego rozliczania VAT z inwestycji samorządowych, przy zachowaniu bezpieczeństwa podatkowego.
Michał Droś & Joanna Szczygieł